El tribunal defiende que, aunque el TJUE haya dispuesto que las autoridades aduaneras del país de importación no están obligadas a aceptar certificados de origen más allá del plazo de validez que prevé la normativa aduanera, deberán admitir dichos certificados si han ejercitado previamente sus facultades de control.
La Administración tributaria ha venido discutiendo repetidamente la validez de las pruebas del origen aportadas por los obligados tributarios para gozar de los beneficios arancelarios con ocasión de la importación de mercancías originarias de países a los que la Unión Europea ha reconocido un tratamiento arancelario preferencial. En particular, se ha venido negando la aplicación de dichos beneficios a los despachos a libre práctica de mercancías integrantes de un contingente, cuando estos despachos se han realizado una vez superado el plazo de dos años de validez de los certificados de origen que amparan la importación, aunque esos mismos certificados ya hayan sido presentados ante las autoridades aduaneras españolas y admitidos por estas antes del vencimiento de dicho plazo con ocasión de despachos parciales de mercancía integrante del mismo contingente.
En un recurso de casación cuya dirección letrada ha correspondido a Garrigues, el Tribunal Supremo decidió elevar cuestión prejudicial al TJUE para que el citado tribunal se pronunciara acerca de distintas cuestiones aduaneras y, entre otras, se solicitaba que se precisara la validez o virtualidad de las pruebas de origen de las mercancías sometidas a específicos regímenes especiales, una vez superado el periodo de dos años tras la fecha de expedición o establecimiento de esas pruebas, cuando se han efectuado despachos parciales dentro de ese plazo.
En su sentencia de 30 de octubre de 2025 (asunto C‑348/24), el TJUE concluyó que las autoridades aduaneras no están obligadas a aceptar una prueba de origen una vez superados los plazos fijados, correspondiendo a las autoridades aduaneras del país de importación determinar, caso por caso, si una determinada mercancía se puede acoger a un régimen arancelario preferencial sobre la base de una prueba de origen presentada extemporáneamente, teniendo en cuenta el derecho de esas autoridades de comprobar el origen efectivo de la mercancía.
En definitiva, el TJUE no excluía la posibilidad de que las autoridades aduaneras, dependiendo de las circunstancias concretas del caso y de si, atendidas estas, se preserva el objetivo de posibilitar la comprobación del origen de las mercancías a dichas autoridades, puedan admitir la validez de las pruebas de origen presentadas tras la finalización de los plazos previstos en la normativa. Dicho de otro modo, a partir de esta sentencia se podría entender que las autoridades aduaneras no están obligadas en general a admitir los certificados presentados fuera de plazo, pero sin que ello implique necesariamente que no puedan hacerlo o incluso que no deban hacerlo en determinadas circunstancias; en concreto, cuando las autoridades aduaneras han podido ejercer sus facultades de comprobación respecto de dichas pruebas.Así lo ha entendido finalmente el Tribunal Supremo.
En su sentencia de 24 de marzo de 2026 (recurso 7451/2021), este tribunal ha concluido que debía analizar el caso concreto y, partiendo del pronunciamiento del TJUE, ha señalado que el hecho de que las autoridades aduaneras no estén obligadas a admitir los certificados de origen más allá del plazo de dos años no significa que no puedan hacerlo; integrando expresamente el principio de confianza legítima como criterio decisivo para resolver el litigio concreto.
Para el tribunal, lo determinante es, en línea con lo interpretado por el TJUE, que las potestades de control y comprobación de la Administración queden preservadas. Si ello es así, y en aras del principio de confianza legítima, cuando el certificado de origen ha sido comprobado y admitido por la propia Administración con ocasión de despachos parciales a libre práctica realizados dentro del plazo de dos años, la validez de dichos certificados se debe admitir en despachos realizados tras ese plazo.
Esta sentencia constituye un hito relevante en la consolidación del principio de confianza legítima en el ámbito aduanero, limitando la rigidez de las prácticas administrativas que desconocen actuaciones previas plenamente válidas de la propia Administración. Al reconocer que la admisión anterior de los certificados de origen, tras el ejercicio efectivo de las potestades de comprobación, impide su posterior rechazo por razones meramente formales, el Tribunal Supremo refuerza la seguridad jurídica de los operadores económicos y exige una actuación administrativa coherente, previsible y respetuosa con el principio de buena administración.
Más allá de su indudable impacto en materia de prueba del origen de las mercancías, el alcance de esta doctrina trasciende el ámbito estrictamente aduanero y proyecta sus efectos sobre la práctica tributaria en general, ofreciendo un criterio particularmente relevante para la defensa de los contribuyentes frente a cambios de criterio o actuaciones contradictorias de la Administración.
