La conjunción de los plazos legales con la práctica administrativa determina que sean muchos los casos en los que unas actuaciones de comprobación planteen la revisión de operaciones realizadas mucho tiempo atrás, incluso en ejercicios que se encontraban prescritos al tiempo de iniciarse la comprobación.
En este sentido, se han venido confrontado en los últimos años dos tesis antitéticas según las cuales: i) la facultad de comprobación es una potestad no sujeta a plazos de prescripción; ii) la facultad de comprobación conlleva en sí misma el ejercicio del «derecho» a liquidar, razón por la cual se debe acompasar con los plazos de prescripción de este último.